首先，一些“地下”代帐机构以及个人代帐行为严重挤占市场空间，扰乱价格秩序。一些兼职会计人员垄断大部分会计代理记账业务，有的会计人员兼任四、五家甚至十多家单位的会计，这些会计人员仅仅充当了单位报账员角色，完全失去了会计的监督职能，很容易导致"做假账"和会计信息失真现象的发生。这种“地下”代理记账的行为很难保证承担后续责任，带来很大的风险。
其次，各地区从事会计代理记账业务的中介机构大都处于起步阶段，规模小，内部控制制度不规范不健全，人员、经费不足，办公场所设备有限，加之各地区的经济状况差异较大，很多代理记账机构业务很少甚至没有业务，运作困难，发展缓慢。
另外，服务行业的各种税费较高，代理记账机构却不能象其他行业或中小企业一样享受到较多的财政、税收方面的优惠及扶持政策，严重制约了代理记账行业的发展。此外，会计代理机构的低收费是为了适应小微企业的实际需求。但是行业的低价竞争，导致许多会计代理机构盈利微薄，经营困难。
再者，现今小微企业应当建账而没有建账的现象十分普遍，甚至小微企业的许多"受托代理记账人"不具备合法资格，很多从事代理记账工作的是社会个人、下岗职工或是委托人的亲戚朋友，他们没有健全的组织机构，业务水平也参差不齐，甚至没有会计从业资格。
最后，在实际工作中，受托人由于与委托人所处的地位不同，利益关系不对等，无法保证会计资料的真实性、合法性和准确性，在代理记账法律关系中，受托人的法律责任一直也没有得到彻底的规范。正是因为如此多的问题存在，加强规范代理记账行业，制定有针对性的政策引导迫在眉睫。
